İlk ve orta öğrenimini Ardahan’da tamamladı.
Kars Ticaret Lisesi'nde lise öğrenimi gören Aytekin, Anadolu Üniversitesi Sosyal Bilimler Bölümünde iki yıl okudu, aynı üniversitenin İktisat fakültesini bitirdi.
1995'e kadar, İstanbul'da büyük bir inşaat şirketinde muhasebe departmanında çalıştı.
1995'te Balıkesir'in Edremit İlçesine yerleşti. Burada Muhabecilik yapmaya başladı.
Genç yaşlardan itibaren Cumhuriyet Halk Partisi üyesi olan Aytekin’in yaptığı görevler ise şu şekildedir:
*2001 - 2002 CHP Edremit İlçe Gençlik Kolu Başkanı
*2003 – 2005 CHP Edremit İlçe Saymanı
*2005 – 2007 CHP Edremit İlçe Sekreteri
*2012 – 2015 CHP Balıkesir İl Başkan Yardımcısı
*2013 – 2016 CHP Parti Okulu Eğitmeni
*2015 Haziran Seçimleri Balıkesir 6. Sıra Milletvekili Adayı
*2015 Kasım Seçimleri Balıkesir 4. Sıra Milletvekili Adayı
*2018'den bu yana Parti Okulu Türkiye Koordinatörü ve Parti İçi Eğitim Birimi Üyeliği
27 ve 28. Dönem Balıkesir Milletvekili seçilen Ensar Aytekin TBMM İdare Amiridir.
38. Cumhuriyet Halk Partisi Olağan Kurultayı'nda Parti Meclisine seçilen Aytekin, 11 Kasım 2023'ta Özgür Özel'in genel başkanlığında toplanan Parti Meclisi'nde Yurtiçi ve Yurdışı Örgütlenmeden Sorumu Genel Başkan Yardımcılığı görevine getirildi.
Ensar Aytekin evli ve iki çocuk babasıdır.
